微波杀菌设备主要是运用微波的热效应以及生物效应来一起发挥作用。微波对细菌膜断表层的电位散布影响细胞薄膜四周电子以及离子浓度，进而更改细胞薄膜的通透特性，让细菌在繁殖的过程中出现营养不良的状况，新陈代谢出现异常，发育繁殖受到阻碍而死亡。

　　采用微波杀菌设备具有下面的一些主要特点：

　　1、微波杀菌消耗的时间较少，杀菌速度较快。

　　通常，热力烘干杀菌是依靠热传递、对流或者辐射等方法把热量从物质表层传输到里面。一般需要比较长的时间，物质内部才能够达到所需要的烘干度以及杀菌温度。媒介物质主要由极性分子与非极性分子构成，在电磁场的推动下，这类极性分子从原本的随便分散状况转变为根据电场的极性排布取向。

　　但是，在频率较高的电磁场推动下，这些取向根据交变电磁的频率不听的改变，这一流程导致分子的运动与相互摩擦，进而出现了热量。这个时候交变电场的场能转变成媒介物质内部的热能，让媒介物质的温度不断提升，所以微波加热是媒介物质材质本身损消耗电场能量进而产生热量。所以微波加热加工的时间明显缩减，在相应功率密度强度的状况下，通常只要数十秒、几分钟就能够获得满意的功效。

　　2、微波杀菌设备运用的是温度较低的干燥杀菌方法，能够维持原本溶液的营养成份。

　　微波具有热效应的迅速升温以及非热效应的两重杀菌功效，与一般的热力烘干、杀菌能相比，能够在比较小的温度与比较短的时间内就能够得到所需要的烘干、杀菌功效。

　　微波杀菌设备的杀菌作用非常的显著，并且能够节省很多的能源，彻底消灭所有细菌。